Oferta de lugar de trabajo

 GENOMAS MICROBIANOS DE AMBIENTES EXTREMOS

Objetivo general: Explorar las capacidades metabólicas de géneros microbianos que habitan nichos poco favorables para la vida.

Objetivos específicos:

1)      Análisis del pan-genoma y core-genoma de especies extremófilas. Los genomas serán obtenidos a partir de bases de datos públicas y se emplearán herramientas bioinformáticas (principalmente disponibles on line) para el análisis de los mismos. Se pondrá énfasis en el estudio de estrategias empleadas por dichos microorganismos para la degradación de polisacáridos.

 

2)      Rastreo de catalizadores biológicos con potencial aplicación en Biorrefinerías. Los microorganismos extremófilos representan un vasto reservorio de enzimas con características deseables para la industria biotecnológica, dadas las condiciones adversas en las actúan; por lo que esta propuesta también contempla la descripción in silico de biocatilizadores (novedosos) con potencial aplicación en biorrefinerías.

Directora: Dra. M. Alejandra Martínez (ale.martinez.unt@gmail.com)

Codirector: Dr. José Horacio Pisa (horacio_pisa@hotmail.com)

Condiciones y requisitos: Estudiantes de la Licenciatura en Biotecnología en condiciones de realizar el trabajo final en PROIMI de manera virtual.

Oferta de lugar de trabajo

 RASTREO INFORMÁTICO Y PROSPECCIÓN DE BIOCATALIZADORES DE INTERÉS BIOTECNOLÓGICO ACTIVOS EN UNA MATRIZ DIVERSIFICADA DE CARBOHIDRATOS VEGETALES. 

Objetivo: 

• El objetivo general de este plan de trabajo es la búsqueda y análisis de enzimas activas sobre la biomasa vegetal, en particular glicósido hidrolasas, con potencial uso en un contexto de biorrefinería. Los productos esperados de la descomposición de distintas fuentes de biomasa (tanto de origen agroindustrial como marino) se utilizarían principalmente en la industria alimenticia y farmacéutica, como compuestos de naturaleza prebiótica. 

Objetivos específicos: 

• Utilización de distintas herramientas bioinformáticas para la prospección de enzimas; novedosas respecto a la actividad que catalicen, como a las posibles características operativas que posean (por ejemplo, termoestabilidad o tolerancia a altas concentraciones salinas). Para la búsqueda se utilizarán genomas obtenidos de los microorganismos del cepario del laboratorio de Bioconversiones de PROIMI, además de genomas, y metagenomas disponibles en las bases de datos públicas. Se analizarán con particular interés aquellos datos provenientes de ambientes de interés (marinos, altas temperaturas, altas salinidad), en búsqueda de biocatalizadores con propiedad previamente descriptas. 

• Análisis estructural y funcional de las putativas enzimas identificadas. Se realizarán modelados por homología y análisis de las secuencias codificantes de enzimas de interés, con el objetivo de predecir la estructura terciaria de las mismas y sus posibles actividades biológicas. 

• Estudios de Docking Molecular entre las estructuras obtenidas del análisis de las secuencias de las putativas enzimas identificadas y diversos sustratos de interés. Mediante estos análisis, se predecirá los posibles sitios de corte y productos generados por el accionar de las estructuras generadas. Además, estas herramientas permitirán evaluar los sustratos mas afines a lo posibles catalizadores identificados 

• Estrategias para la expresión heteróloga de putativas secuencias codificantes. Utilización de diversas herramientas bioinformáticas para las diversas etapas previas a los ensayos de clonado y expresión proteica: i) identificación de un posible péptido señal, ii) evaluación la probabilidad de expresion de forma soluble, iii) evaluación de la frecuencia del uso de codones raros en el huésped escogido, iv) diseños de cebadores, y clonado in silico del producto amplificado. 

Directora: Dra. M. Alejandra Martínez (ale.martinez.unt@gmail.com)

Codirector: Dr. Johan S. Hero (johanhero@hotmail.com)

Condiciones y requisitos: Estudiantes de la Licenciatura en Biotecnología en condiciones de realizar el trabajo final en PROIMI de manera virtual. 

Ofertas de lugares de trabajo

Tema 1:

Diferenciación de cultivares de frutilla utilizando marcadores moleculares en plantas obtenidas por cultivo in vitro de tejidos

Objetivo general: Optimizar protocolos estandarizados para diferenciar cultivares comerciales de frutilla utilizando técnicas de marcadores moleculares en “vitroplantas”.

Descripción: Se adaptarán técnicas de marcadores moleculares (por ejemplo genotipado por SNP o polimorfismo de nucleótido único) que permitan identificar y diferenciar con certeza los cultivares de frutilla actualmente plantados a campo en nuestro país, y agreguen valor a la producción de plantas obtenidas por cultivo in vitro en nuestra institución.

 Tema 2:

Optimización de la detección de virus patógenos en plantas de frutilla mantenidas en cultivo in vitro

Objetivo general: Ajustar protocolos ya estandarizados en el grupo para la detección de virus en plantas de frutilla obtenidas por cultivo in vitro de tejidos con fines comerciales.

Descripción: Se adaptarán protocolos de ensayos fitopatológicos en plantas de frutilla mantenidas en cultivo in vitro. Se ajustarán protocolos de detección de virus por técnicas de inmunoquímicas (por ejemplo ELISA) y/o de biología molecular (RT-PCR, qPCR, etc).

 Dirigido a: Estudiantes avanzados de la carrera de Lic. en Biotecnología, Bioquímica o carreras afines.

Lugar: Instituto Superior de Investigaciones Biológicas (INSIBIO, CONICET-UNT) - Instituto de Química Biológica. “Dr. Bernabé Bloj”, Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia, UNT, San Miguel de Tucumán, Tucumán, Argentina.

Contacto: Dr. Carlos Grellet Bournonville, Email: carlosgrellet@gmail.com